Pokémon Shinies são Pokémon muito raros, com cores diferentes, muito raros. Eles apareceram nos jogos pela primeira vez nas versões Gold/Silver, e alguns poucos também aparecem no Anime! São eles:
21 - Adeus, Butterfree!
Na primeira temporada, quando Ash ainda era iniciante, seu Butterfree encontrou uma outra, de cor diferente (rosada). O Butterfree dele se apaixonou por essa outra Shiny e foi embora para sempre.
No começo, ele era perseguido por um Pesquisador, que tentava capturá-lo, mas nunca conseguiu. Ash então desafiou o Noctowl, usando o Pikachu, vencendo a batalha e capturando o raro Pokémon.
172 - Um Remédio Bombástico!
O Velho Shuckle vivia procurando por esse raro Pokémon. O Suco dele é especial, faz com que quem beba atraía todos os Pokémon para si.
237Evolução! Eis a Questão!
238A Fúria da Inocência!
374A Luta das Lendas!
O Shiny que mais apareceu no Anime (3 episódios), e o mais famoso dentre todos no Mundo Pokémon. Um Magikarp normal foi fruto de uma experiência e evoluiu para o raivoso Gyarados Vermelho, no episódio 237. No episódio seguinte, Lance captura o Pokémon e acalma a situação. Uma saga depois, no episódio 374, Lance re-aparece e usa o Gyarados Shiny para lutar contra Groudon e Kyogre.
270 - Essa dá Empate!
Jackson/Vincent usou um Magneton Shiny na Liga Pokémon de Johto, derrotando o Pikachu do Ash. Na batalha seguinte, ele perdeu para o Bulbasaur do treinador de Pallet.
361 - Batalha de Ginásio nas Alturas!
Winona usou um Swellow Shiny contra o Ash na Batalha de Ginásio pela Sexta Insígnia, derrotando o Grovyle dele. Na batalha seguida, o Swellow Shiny perdeu para o Swellow do treinador de Pallet.
368 - O Último dia do Julgamento!
Pescado por Jimmy, ele trocou esse Magikarp especial por um simples Charmeleon de um treinador desconhecido.
391 - Expectativas de Encontro!
Donphans normais se apaixonaram por esse Donphan especial graças aos seus poderosos ataques.
537 - Amável Estilo! O Nome é Equipe Galactic!!
Esse Toxicroak foi usado pelo Comandante Saturno da Equipe Galáctica para lutar contra o Croagunk do Brock.
541 - Adeus, Dustox!
Um Dustox Shiny aparece em um lago do lado de um Centro Pokémon e se encontra com o Dustox de Jessie. Os dois se apaixonam e o Pokémon inseto da Jessie vai embora com o Shiny. Esse episódio é semelhante ao 21º do Anime, onde o Butterfree de Ash se apaixona por uma Shiny.